慢性疼痛可以由许多不同的因素引起。伴随正常老化的情况通常会以引起慢性疼痛的方式影响骨骼和关节。其他常见的原因是神经损伤和伤害未能正确治愈。

某些慢性疼痛有多种原因。例如，背痛可能由单一因素或这些因素的任何组合引起：

• 多年的不良姿势
• 抬起和搬运重物不当
• 被增持，这使多余的应变的背部和膝盖
• 先天状况，如脊柱弯曲
• 创伤性损伤
• 穿高跟鞋
• 睡在一张可怜的床垫上
• 没有明显的物理原因
• 脊柱的普通老化（退行性改变）

疾病也可能是慢性疼痛的根本原因。风湿性关节炎，骨关节炎和纤维肌痛是众所周知的罪魁祸首，但持续性疼痛也可能是由于这些疾病如癌症，多发性硬化，胃溃疡，艾滋病，和胆囊疾病。

然而，在很多情况下，慢性疼痛的来源可能是一个非常复杂甚至是神秘的问题。虽然它可能以伤害或疾病开始，但在身体问题愈合之后，持续的疼痛可以形成心理维度。仅凭这一事实就使棘手的单一疗程陷入困境，这就是为什么医疗保健提供者经常发现他们必须尝试许多不同类型的治疗步骤。